城鄉差距、分行間優劣勢，加上經理主觀意識所打的考績有欠公允，行方未有適當方案讓分行間考核更公平，也未有妥善配套措施，更未尊重工會意見，只召集各分行單位主管召開北、中、南分區座談會，即片面欲將績效獎金之特別獎金提撥率從15%調高為25%，影響本會會員權益甚鉅。行方11月20日召開經營績效考核制度改革小組第2次會議，決議擬提報董事會通過後自98年1月1日起實施。
工會於12月5日董事會當天緊急召開臨時理監事會並邀請會員代表一同出席，工會幹部數十人向董事會陳情抗議，要求影響勞工權益之事項應經勞資協商解決，並要求將未經勞資會議協商之甲1、甲2、甲3、乙1、乙2、乙3六個考績級距，回歸原甲、乙二個等級。再者甲1幾乎為部室、分行正副主管之囊中物，辛勤的基層行員名列乙等比比皆是，形同資方強搶勞方的血汗錢，工會在此強烈呼籲：有關獎金發放方式之變動，勞動權益、條件之調整，反對在勞資協商前有任何改變，以維護會員權益。
92.07.29、同年11.05及93.06.09行方分別與工會於勞資會議商定「台灣土地銀行核發績效獎金－特別獎金作業規定」明訂由績效獎金中提撥最高15％為特別獎金，其中12％為單位獎金、3％為激勵獎金。現在，行方卻以公文函復「員工績效獎金未涉及勞動條件，非屬勞資協商事項」云云，否定當年勞資會議之效力，若當年勞資會議之決議違法，則屬無效之法律行為，那麼，行方應退回歷年來依據該規定發放之獎金差額！
行方制定該作業規定，目的係「為提升經營績效，並激勵員工士氣發揮團隊精神，積極拓展業務……。」然而，考績乙等已於工作獎金方面比甲等少支領0.5個月獎金，有必要於特別獎金中再賞一巴掌？雙重懲罰且級距過大！試問：考績公平嗎？如此一來，反而製造員工對立、破壞團結！
「績效獎金－特別獎金作業規定」之修訂並無急迫性，何不從長計議，廣納各方意見，最重要的是任何勞工權益的變動或調整要讓員工知道，要與工會勞資協商，而不是只告知分行單位主管，方能真正達到激勵員工士氣發揮團隊精神。
▓公營銀行具有穩定國家經濟、社會民生的重要功能
政府當初說服土銀員工，請大家支持加入台灣金控，主張公營銀行有社會責任，更是穩定社會的力量，對照今日全球金融風暴的慘狀，過去政府的說詞讓土銀員工認同、接受。
在世界金融海嘯中，各國紛紛祭出銀行收歸國有，來拯救因民營銀行不當經營所產生的亂局及經濟大衰退。二次金改亂象也令我們深切體認唯有具規模的公營銀行，才能安定國家經濟、調和社會民生，我們不願意讓台灣成為下一個冰島、下一個阿根廷。
針對
土銀工會表示，籌組台灣金控，對於台灣金融業的發展是一重要里程碑，但是金控未來的成敗與否，績效能否符合社會的期許，最重要的問題，就是子公司間整合的問題；目前金控底下4家子公司，各有不同的企業文化，未來整合在一起，難免會有意見不同的時候，主事者應建立一個「4品牌並存、公平對待、彼此尊重、維護專業經營空間」的制度，在經營面將減少許多紛爭，對提升競爭力有很大助益。
至於有人質疑未來台灣金控是否能與民營金控一較高下，土銀工會表示，外界對於國營銀行有一些偏見，但是國營銀行必須承擔政策性任務，如民營銀行都不願意承辦的921賑災貸款、勞工紓困貸款等，都由國營銀行不計成本協助台灣社會度過危機，所以兩者是很難比較的。此外，國營銀行經營上受到法令的限制，所以在身段上顯得較為笨重，因此土銀工會主張，政府應適度開放台灣金控預算及人事權，讓台灣金控能較為自主的經營，到時候再談比較公平。
此外，針對土銀未依勞基法計算工員、約雇人員退休年資及積欠員工互助金問題，土銀工會認為財政部應十分了解，希望財政部李部長新官上任能夠發揮魄力，協助解決。
